L'apparition et la transmission de souches résistantes du virus HIV est une préoccupation croissante depuis plusieurs années alors que les patients sont traités sur des périodes de plus en plus longues par des thérapies antirétrovirales.
Lors du congrès annuel sur les rétrovirus et les maladies opportunistes (CROI), tenu à Los Angeles du 25 ou 28 février dernier, le Center for Disease Control (CDC) américain a annoncé qu'environ 1 individu sur 10 nouvellement diagnostiqués est infecté par une souche de VIH
Du côté des nouvelles thérapies, trois études présentent des résultats encourageants pour de nouveaux traitements destinés aux malades infectés par des virus multi-résistants.
résistante à au moins un des traitements rétroviraux disponibles. Ce phénomène de résistance aux thérapies anti-VIH déjà bien documenté, est en croissance, passant de moins de 5% dans les années 90 à 10% aujourd'hui.
La première concerne un inhibiteur d'intégrase, l'Isentress de Merck, destiné à bloquer l'intégration du virus dans l'ADN des cellules CD4. Cette nouvelle classe de médicaments, dont très peu sont en phase d'essais cliniques, est prometteuse pour les patients infectés par des souches résistantes aux médicaments qui ciblent les deux autres types d'enzymes virales, la reverse-transcriptase et la protéase. Les résultats des essais cliniques de phase III ont montré l'efficacité de l'activité antirétrovirale de l'Isentress ainsi que sa supériorité par rapport aux traitements existants. Un autre inhibiteur d'intégrase virale, l'Elvitegravir de Gilead, a aussi montré des résultats prometteurs dans une étude clinique de phase II présentée au congrès.
Des études cliniques de phase II sont également encourageantes pour le Maraviroc de Pfizer, appartenant à une nouvelle classe de molécules, les inhibiteurs d'entrée. Le mécanisme d'action du médicament consiste à bloquer l'entrée du virus dans les cellules CD4 via le récepteur de surface CCR5. Un test diagnostic est développé en parallèle par la société Monogram Biosciences qui détermine le type de récepteur utilisé par le virus pour entrer dans les cellules, CCR5 ou CXR4, et permet au médecin de sélectionner le traitement le plus adapté. Un autre inhibiteur d'entrée spécifique aux virus utilisant le récepteur CCR5 est développé en parallèle par Schering-Plough.
Lors du congrès annuel sur les rétrovirus et les maladies opportunistes (CROI), tenu à Los Angeles du 25 ou 28 février dernier, le Center for Disease Control (CDC) américain a annoncé qu'environ 1 individu sur 10 nouvellement diagnostiqués est infecté par une souche de VIH
Du côté des nouvelles thérapies, trois études présentent des résultats encourageants pour de nouveaux traitements destinés aux malades infectés par des virus multi-résistants.
résistante à au moins un des traitements rétroviraux disponibles. Ce phénomène de résistance aux thérapies anti-VIH déjà bien documenté, est en croissance, passant de moins de 5% dans les années 90 à 10% aujourd'hui.
La première concerne un inhibiteur d'intégrase, l'Isentress de Merck, destiné à bloquer l'intégration du virus dans l'ADN des cellules CD4. Cette nouvelle classe de médicaments, dont très peu sont en phase d'essais cliniques, est prometteuse pour les patients infectés par des souches résistantes aux médicaments qui ciblent les deux autres types d'enzymes virales, la reverse-transcriptase et la protéase. Les résultats des essais cliniques de phase III ont montré l'efficacité de l'activité antirétrovirale de l'Isentress ainsi que sa supériorité par rapport aux traitements existants. Un autre inhibiteur d'intégrase virale, l'Elvitegravir de Gilead, a aussi montré des résultats prometteurs dans une étude clinique de phase II présentée au congrès.
Des études cliniques de phase II sont également encourageantes pour le Maraviroc de Pfizer, appartenant à une nouvelle classe de molécules, les inhibiteurs d'entrée. Le mécanisme d'action du médicament consiste à bloquer l'entrée du virus dans les cellules CD4 via le récepteur de surface CCR5. Un test diagnostic est développé en parallèle par la société Monogram Biosciences qui détermine le type de récepteur utilisé par le virus pour entrer dans les cellules, CCR5 ou CXR4, et permet au médecin de sélectionner le traitement le plus adapté. Un autre inhibiteur d'entrée spécifique aux virus utilisant le récepteur CCR5 est développé en parallèle par Schering-Plough.
publié par lamrous yacine dans: virologie
Des chercheurs de la "National Library of Medecine" du "National Center for Biotechnology Information" (NCBI) et du "Fogarty International Center" ont publié, dans le journal Biology Direct, une étude permettant de mieux comprendre l'évolution des virus grippaux.
Les chercheurs ont analysé une large collection représentative des deux souches les plus connues de la grippe, à savoir H1N1 et H3N2. Ces virus ont été collectés entre les années 1995 et 2005 dans l'état de New York et en Nouvelle Zélande. Les banques de données provenaient de l'"Influenza Genome Sequencing Project" et ont été financées par le "National Institute of Allergy and Infectious Desease" qui a récemment mis à disposition plus de 1000 génomes
Jusqu'à maintenant, l'évolution de ce virus était perçue comme un procédé darwinien classique. En effet, il était plus ou moins admis que la principale protéine de surface nommée Hemaglutinine changeait continuellement afin de se soustraire au système immunitaire de l'hôte. Cela créait un avantage sélectif qui permettait de manière continue d'éliminer les virus " compétiteurs ".
Alors que ce mécanisme semble être effectivement appliqué par le virus H1N1, la période de sélection semble être une suite de séquences interrompues dans le cas du virus H3N2. En effet, ce virus semble être la plupart du temps en période de latence et ne présente pas d'excès significatif de mutations dans sa région antigénique. Les chercheurs ont noté que, pendant ces périodes de latence, aucune des souches circulantes ne prend le dessus sur les autres. complets de virus grippaux provenant de patients. Il semble d'ailleurs que de multiples variations soient nécessaires pour permettre au virus d'échapper au système immunitaire. En conséquence, de nombreuses variétés de souches s'accumulent. Lorsque la mutation apportant un avantage sélectif apparaît, la période de latence laisse place à un épisode darwinien où le nouveau virus dominant s'étend rapidement à la population humaine et élimine les autres variants de son espèce.
L'équipe dirigée par David Lipman conclut que la vision habituelle de l'évolution du virus de la grippe, à savoir rapide et contrôlée par un procédé de sélection positive, apparaît à leurs yeux incomplète. Les périodes de latence interrompues par de courtes périodes de sélection suggèrent que le séquençage d'un plus grand nombre de virus sur des patients permettrait d'améliorer la qualité des méthodes de prévention. En parallèle, la substitution d'aminoacides pourrait également être un bon moyen pour prévoir les futures souches dominantes et de gagner un temps précieux pour l'élaboration de vaccins.
Par Brice Obadia, Hedi Haddada & Sophia Gray
Les chercheurs ont analysé une large collection représentative des deux souches les plus connues de la grippe, à savoir H1N1 et H3N2. Ces virus ont été collectés entre les années 1995 et 2005 dans l'état de New York et en Nouvelle Zélande. Les banques de données provenaient de l'"Influenza Genome Sequencing Project" et ont été financées par le "National Institute of Allergy and Infectious Desease" qui a récemment mis à disposition plus de 1000 génomes
Jusqu'à maintenant, l'évolution de ce virus était perçue comme un procédé darwinien classique. En effet, il était plus ou moins admis que la principale protéine de surface nommée Hemaglutinine changeait continuellement afin de se soustraire au système immunitaire de l'hôte. Cela créait un avantage sélectif qui permettait de manière continue d'éliminer les virus " compétiteurs ".
Alors que ce mécanisme semble être effectivement appliqué par le virus H1N1, la période de sélection semble être une suite de séquences interrompues dans le cas du virus H3N2. En effet, ce virus semble être la plupart du temps en période de latence et ne présente pas d'excès significatif de mutations dans sa région antigénique. Les chercheurs ont noté que, pendant ces périodes de latence, aucune des souches circulantes ne prend le dessus sur les autres. complets de virus grippaux provenant de patients. Il semble d'ailleurs que de multiples variations soient nécessaires pour permettre au virus d'échapper au système immunitaire. En conséquence, de nombreuses variétés de souches s'accumulent. Lorsque la mutation apportant un avantage sélectif apparaît, la période de latence laisse place à un épisode darwinien où le nouveau virus dominant s'étend rapidement à la population humaine et élimine les autres variants de son espèce.
L'équipe dirigée par David Lipman conclut que la vision habituelle de l'évolution du virus de la grippe, à savoir rapide et contrôlée par un procédé de sélection positive, apparaît à leurs yeux incomplète. Les périodes de latence interrompues par de courtes périodes de sélection suggèrent que le séquençage d'un plus grand nombre de virus sur des patients permettrait d'améliorer la qualité des méthodes de prévention. En parallèle, la substitution d'aminoacides pourrait également être un bon moyen pour prévoir les futures souches dominantes et de gagner un temps précieux pour l'élaboration de vaccins.
Par Brice Obadia, Hedi Haddada & Sophia Gray
publié par lamrous yacine dans: virologie
Les chercheurs de UCSF (Université de Californie à San Francisco) et de l'Institut d'Urologie Glickman de Cliveland ont découvert la présence d'un nouveau virus dans les tumeurs de la prostate.
Ce retrovirus proche de ceux trouvés dans les souris n'avait jamais été détecté chez les humains. La découverte a été réalisée grâce à une technique de puce à ADN appelée VirusChip qui a permis, il y a 3 ans, de confirmer l'identité du virus à l'origine du SARS (Severe Acute Respiratory Syndrome).
La technique, mise au point par les Pr. DeRisi et Ganem, permet d'identifier un virus au sein d'un échantillon en le comparant à l'ADN ou l'ARN de plus de 20 000 fragments de matériel génétique dérivés de tous les virus connus rencontrés chez les humains, les animaux, les plantes, les levures et les bactéries.
L'étude fait partie d'un programme lancé il y a deux ans par les Pr. DeRisi et Ganem pour utiliser la puce afin de rechercher de nouveaux virus associés à un large éventail de maladies humaines.
Jusqu'à maintenant la puce a été utilisée pour la recherche de nouveaux virus dans environ 300 cas d'infection respiratoires, 50 cas de méningite et dans plus d'une douzaine de cas d'encéphalites sévères, d'hépatite et de leucémie.
Ce retrovirus proche de ceux trouvés dans les souris n'avait jamais été détecté chez les humains. La découverte a été réalisée grâce à une technique de puce à ADN appelée VirusChip qui a permis, il y a 3 ans, de confirmer l'identité du virus à l'origine du SARS (Severe Acute Respiratory Syndrome).
La technique, mise au point par les Pr. DeRisi et Ganem, permet d'identifier un virus au sein d'un échantillon en le comparant à l'ADN ou l'ARN de plus de 20 000 fragments de matériel génétique dérivés de tous les virus connus rencontrés chez les humains, les animaux, les plantes, les levures et les bactéries.
L'étude fait partie d'un programme lancé il y a deux ans par les Pr. DeRisi et Ganem pour utiliser la puce afin de rechercher de nouveaux virus associés à un large éventail de maladies humaines.
Jusqu'à maintenant la puce a été utilisée pour la recherche de nouveaux virus dans environ 300 cas d'infection respiratoires, 50 cas de méningite et dans plus d'une douzaine de cas d'encéphalites sévères, d'hépatite et de leucémie.
publié par lamrous yacine dans: virologie
Intégré dans les chromosomes humains et inactif depuis des lustres, un rétrovirus a été réactivé. But du jeu : mieux comprendre comment fonctionne ces virus dormants, dont on ignore beaucoup, sauf qu'ils provoquent parfois des tumeurs.
Il sommeille en nous comme il sommeillait déjà chez nos ancêtres. Il faut peut-être remonter plusieurs millions d’années en arrière pour approcher le moment où, quelque part, ce rétrovirus s’est intégré à l’ADN d’un primate. Il vient de se réveiller à l’Institut Gustave Roussy, à Villejuif, près de Paris, dans le laboratoire de Thierry Heidmann. Il ne s’agit pas de redonner vie à un monstre préhistorique mais de mieux comprendre cet extraordinaire phénomène qui permet l’incorporation des gènes d’un virus dans le génome d’un organisme supérieur. Il intervient sans doute dans l’évolution des espèces mais aussi dans le déclenchement de tumeurs.
Des étrangers dans nos chromosomes
On connaît depuis longtemps les rétrovirus, dont l’information génétique est portée par de l’ARN. Transformés en ADN dans la cellule infectée, les gènes viraux se glissent dans le génome de l’organisme et peuvent déclencher tout de suite leur reproduction, comme n’importe quel virus. Ils sont alors infectieux. Mais certains ont un autre destin : ils s’installent et se transmettent à la génération suivante. Ces véritables virus dormants peuvent se réveiller spontanément, bien plus tard, sans que l’on sache encore pourquoi. D’autres, enfin, restent définitivement dans le génome de leur hôte.
Après des centaines de millions d’années d’évolution et d’infections, le génome des animaux et des végétaux contiennent tous de tels rétrovirus endogènes. On les reconnaît à un petit bout de code génétique (appelé Long Terminal Repeat), qui les fait beaucoup ressembler aux rétrovirus infectieux. Le plus souvent, ces rétrovirus endogènes sont inoffensifs, complètement dénaturés par des siècles ou des millénaires de mutations diverses, ou encore, peut-être, contrés par la génétique cellulaire qui a appris à vivre avec.
Voir un rétrovirus à l’œuvre
Pour mieux comprendre le mécanisme d’intégration de ces rétrovirus et quel rôle ils peuvent jouer, l’équipe de Thierry Heidmann a choisi d’observer le phénomène en grandeur nature, en réactivant l’un de ces fossiles génétiques enfouis chez l’être humain. Pour y parvenir, ils devaient retrouver son code génétique, celui du virus qui a contaminé un jour l’un de nos ancêtres. Pas facile alors que les gènes en question ont été défigurés au fil des générations. Pas facile mais possible car ces gènes de rétrovirus ont toujours la propriété se répliquer, à la manière du copier-coller sur un ordinateur personnel. L’ADN de leurs gènes se transforment en ARN, lequel se retranscrit en ADN qui se réintègre ailleurs dans le génome, au hasard. Les chromosomes humains, par exemple, comprennent de nombreux exemplaires des mêmes rétrovirus, différemment affectés par les mutations successives.
En retrouvant ces copies altérées, l’équipe a pu reconstituer la séquence initiale, comme on pourrait retrouver le texte d’un livre en comparant de nombreux exemplaires abîmés en des endroits différents.
Le virus Phoenix, saisi par le microscope électronique après avoir infecté une cellule humaine. En bas à droite, un virus, en noir, s’apprête à sortir. Crédit : Dewannieux et al., Genome Research
Peut-on dire qu’un rétrovirus est ressuscité puisqu’un virus ne vit pas vraiment ? En tout cas, ce fossile reconstitué venu du fond des âges, et bien sûr surnommé Phoenix, est bel et bien fonctionnel : il s’est montré capable d’infecter différents types de cellules humaines. Cependant, son pouvoir infectieux est bien faible, comme si les cellules humaines savaient depuis longtemps comment se débarrasser de cet intrus qu’elles connaissent si bien. Quel que soit son pouvoir infectieux, ce rétrovirus réveillé ne peut pas faire grand mal car une modification de ses gènes, effectuée par l’équipe, l’empêche de se reproduire plus d’une fois. S’agissant de réactiver un virus qui fut dangereux pour nos ancêtres, la précaution n’est pas inutile.
Les généticiens ont maintenant quelques pièces de plus pour comprendre un peu mieux le puzzle de notre équipement génétique, dont l’image s’est singulièrement compliquée ces dernières années. Les rétrovirus endogènes ne sont en effet qu’un exemple d’éléments mobiles dans nos gènes. Comme l'avait compris Barbara McClintock il y a plus de cinquante ans, nos chromosomes, à coup de copier-coller et de couper-coller, brouillent les cartes…
Il sommeille en nous comme il sommeillait déjà chez nos ancêtres. Il faut peut-être remonter plusieurs millions d’années en arrière pour approcher le moment où, quelque part, ce rétrovirus s’est intégré à l’ADN d’un primate. Il vient de se réveiller à l’Institut Gustave Roussy, à Villejuif, près de Paris, dans le laboratoire de Thierry Heidmann. Il ne s’agit pas de redonner vie à un monstre préhistorique mais de mieux comprendre cet extraordinaire phénomène qui permet l’incorporation des gènes d’un virus dans le génome d’un organisme supérieur. Il intervient sans doute dans l’évolution des espèces mais aussi dans le déclenchement de tumeurs.
Des étrangers dans nos chromosomes
On connaît depuis longtemps les rétrovirus, dont l’information génétique est portée par de l’ARN. Transformés en ADN dans la cellule infectée, les gènes viraux se glissent dans le génome de l’organisme et peuvent déclencher tout de suite leur reproduction, comme n’importe quel virus. Ils sont alors infectieux. Mais certains ont un autre destin : ils s’installent et se transmettent à la génération suivante. Ces véritables virus dormants peuvent se réveiller spontanément, bien plus tard, sans que l’on sache encore pourquoi. D’autres, enfin, restent définitivement dans le génome de leur hôte.
Après des centaines de millions d’années d’évolution et d’infections, le génome des animaux et des végétaux contiennent tous de tels rétrovirus endogènes. On les reconnaît à un petit bout de code génétique (appelé Long Terminal Repeat), qui les fait beaucoup ressembler aux rétrovirus infectieux. Le plus souvent, ces rétrovirus endogènes sont inoffensifs, complètement dénaturés par des siècles ou des millénaires de mutations diverses, ou encore, peut-être, contrés par la génétique cellulaire qui a appris à vivre avec.
Voir un rétrovirus à l’œuvre
Pour mieux comprendre le mécanisme d’intégration de ces rétrovirus et quel rôle ils peuvent jouer, l’équipe de Thierry Heidmann a choisi d’observer le phénomène en grandeur nature, en réactivant l’un de ces fossiles génétiques enfouis chez l’être humain. Pour y parvenir, ils devaient retrouver son code génétique, celui du virus qui a contaminé un jour l’un de nos ancêtres. Pas facile alors que les gènes en question ont été défigurés au fil des générations. Pas facile mais possible car ces gènes de rétrovirus ont toujours la propriété se répliquer, à la manière du copier-coller sur un ordinateur personnel. L’ADN de leurs gènes se transforment en ARN, lequel se retranscrit en ADN qui se réintègre ailleurs dans le génome, au hasard. Les chromosomes humains, par exemple, comprennent de nombreux exemplaires des mêmes rétrovirus, différemment affectés par les mutations successives.
En retrouvant ces copies altérées, l’équipe a pu reconstituer la séquence initiale, comme on pourrait retrouver le texte d’un livre en comparant de nombreux exemplaires abîmés en des endroits différents.
Le virus Phoenix, saisi par le microscope électronique après avoir infecté une cellule humaine. En bas à droite, un virus, en noir, s’apprête à sortir. Crédit : Dewannieux et al., Genome Research
Peut-on dire qu’un rétrovirus est ressuscité puisqu’un virus ne vit pas vraiment ? En tout cas, ce fossile reconstitué venu du fond des âges, et bien sûr surnommé Phoenix, est bel et bien fonctionnel : il s’est montré capable d’infecter différents types de cellules humaines. Cependant, son pouvoir infectieux est bien faible, comme si les cellules humaines savaient depuis longtemps comment se débarrasser de cet intrus qu’elles connaissent si bien. Quel que soit son pouvoir infectieux, ce rétrovirus réveillé ne peut pas faire grand mal car une modification de ses gènes, effectuée par l’équipe, l’empêche de se reproduire plus d’une fois. S’agissant de réactiver un virus qui fut dangereux pour nos ancêtres, la précaution n’est pas inutile.
Les généticiens ont maintenant quelques pièces de plus pour comprendre un peu mieux le puzzle de notre équipement génétique, dont l’image s’est singulièrement compliquée ces dernières années. Les rétrovirus endogènes ne sont en effet qu’un exemple d’éléments mobiles dans nos gènes. Comme l'avait compris Barbara McClintock il y a plus de cinquante ans, nos chromosomes, à coup de copier-coller et de couper-coller, brouillent les cartes…
publié par lamrous yacine dans: virologie
PETIT LEXIQUE VIROLOGIQUE
ambisens
le génome de certains virus est un ARN monocaténaire segmenté. Un ou plusieurs segments sont ambisens : une portion du segment est ARN - et l'autre portion, soudée à la première, est ARN + .
Arenavirus et quelques Bunyavirus ont un tel génome.
anti-oncogène
gène codant une protéine capable de s’opposer à l’action d’un gène oncogène.
arbovirus
(arbovirus = arthropode borne virus)
virus transmis par piqûres d'arthropodes (insectes divers, surtout les moustiques, les tiques et les puces).
On connaît plus de 500 arbovirus dont 80 sont capables d'infecter l'homme.
ARN polymérase
ce terme est utilisé lorsqu'une distinction ne peut être faite entre les enzymes de réplication (ARN réplicases ou réplicases) et les enzymes de transcription (ARN transcriptases ou transcriptases) : c'est le cas pour l'enzyme du virus poliomyélitique.
ARN réplicase
ce terme est réservé à l'enzyme qui synthétise les brins génomiques (les génomes de la descendance), quelle que soit leur polarité.
abrégé : la réplicase
ARN transcriptase
ce terme est réservé à l'enzyme associée au virion et qui synthétise l'ARN messager.
abrégé : la transcriptase
assemblage
phase terminale du cycle de multiplication d’un virus au cours de laquelle tous les composants nécessaires à la formation de nouveaux virions se condensent en des sites particuliers de la cellule et s’assemblent, le plus souvent par un processus d’auto-assemblage.
bactériophage
souvent appelé "phage"
virus qui se réplique dans une bactérie.
bourgeonnement
phase de libération des virus enveloppés par extrusion (on dit aussi par "bourgeonnement) à travers une membrane cellulaire (cytoplasmique le plus souvent, nucléaire, ou réticulum endoplasmique).
brin codant, brin non codant
Une ambiguïté existe sur les termes de brin codant et brin non codant.
En effet, pour certains auteurs, le terme de brin codant désigne soit le brin transcrit, soit le brin non transcrit.
On a adopté la convention de désigner comme brin codant le brin non transcrit, c'est à dire le brin possédant la séquence de l'ARN messager codé (à une substitution de bases près (U/T).
brin négatif
brin d’acide nucléique dont la séquence de base est complémentaire de celle du brin codant.
virus dont le génome est composé d’un brin d’acide nucléique négatif (le brin est souvent un ARN mais peut être aussi, rarement, un ADN).
cadre de lecture
une des trois phases possibles de lecture de l'enchaînement des triplets sur un brin d'ADN ou d'ARN.
Un cadre de lecture est dit "ouvert" pour une séquence nucléotidique ne comportant qu'une succession de codons signifiants (hormis le codon stop à son extrémité).
capside
du grec capsa : la boite
coque protéique rigide protégeant le génome viral.
la capside permet de définir le type de symétrie du virus : hélicoïdale, icosaédrale (ou cubique), mixte (les phages avec une queue) ou complexe (Poxvirus).
capsomère
unité morphologique de la capside, visible au microscope électronique, constituée par l'assemblage de sous-unités protéiques identiques ou différentes.
cellule en lignée continue
cellule devenue capable de croître indéfiniment (cellule "immortalisée").
Ainsi, les cellules Hela ont été isolées en 1951 d'une patiente atteinte d'un carcinome du col de l'utérus (Elle s'appelait Helen Lane).
Les cellules en lignée continue sont utilisées pour la multiplication des virus.
cis-acting
élément génétique affectant l’activité d’une région contiguë (c’est à dire sur la même molécule d’acide nucléique). Promoteurs de transcription et " enhancers " sont des séquences " cis-acting " adjacentes aux gènes dont ils contrôlent la transcription.
coiffe
motif de 7-méthyl-guanine, rattaché au premier nucléotide des ARN messagers viraux de l'hôte et des ARN-m viraux par une liaison inhabituelle 5'- 5'.
décapsidation
terme définissant les événements qui surviennent après la pénétration du virion dans la cellule-hôte : la capside est partiellement ou totalement décomposée et le génome se trouve en contact avec le cytoplasme sous la forme d’un complexe nucléo-protéique.
éclipse
période du cycle de multiplication d’un virus au cours de laquelle aucune particule virale complète n’est visible : la phase d’éclipse commence à la décapsidation et se termine à la phase d’assemblage. La période d'éclipse correspond aux synthèses des constituants du virus : réplication du génome et synthèse des protéines virales.
enhancers
éléments génétiques agissant en cis (cis-acting elements) qui activent la transcription des gènes ou la traduction des ARN-m.
enveloppe
membrane cellulaire remaniée acquise par les virus "enveloppés" au moment de la phase de libération.
épissage différentiel
correspond à l'existence de plusieurs schémas d'épissage d'un transcrit primaire d'ARN, aboutissant à la formation de différents ARN-messagers et pouvant donner lieu à la synthèse de plusieurs protéines différentes.
eucaryote
organisme dont le matériel génétique – des paires de chromosomes identiques (donc diploïde : 2 n) – est isolé du cytoplasme par une membrane nucléaire.
forme réplicative (FR)
intermédiaire nucléique à deux brins d'ARN permettant la réplication du génome viral.
gènes chevauchants
Une même séquence génétique peut être lue dans 2 ou 3 cadres de lecture différents, doublant ou triplant les capacités de codage.
Les Papovavirus, le virus de l'hépatite B utilisent cette stratégie économique.
gènes précoces
gènes transcrits et traduits dès la pénétration du virus
gènes tardifs
gènes viraux s'exprimant après le déclenchement de la réplication du génome viral
hémagglutination
agglutination des globules rouges par des protéines virales (d'enveloppe ou de capside).
hétéroduplex
appariement de chaînes nucléotidiques complémentaires, de nature différente (hétéroduplex ADN/ARN) ou d'origine différente.
icosaèdre
(eikosi = 20)
solide à vingt faces planes.
l'icosaèdre régulier a pour faces vingt triangles équilatéraux égaux.
infection abortive
infection virale au cours de laquelle le cycle de multiplication s'arrête prématurément sans qu'il y ait production de nouveaux virions.
infection productive
infection virale "complète" à l'issue de laquelle des nouveaux virions apparaissent.
intégration
insertion d'une séquence exogène dans l'ADN génomique d'une cellule-hôte. Cette intégration est catalysée par une endonucléase nommée intégrase chez les rétrovirus. Le génome viral intégré sous forme d'ADN est appelé le provirus.
IRES
(internal ribosome entry site)
région du génome des virus à ARN + qui permet l'association des sous-unités ribosomiques et la traduction du génome viral.
kb
(kilobase =1000 nucléotides)
unité de mesure des acides nucléiques monocaténaires.
kbp
(kilobase pairs = 1000 paires de nucléotides)
unité de mesure des acides nucléiques bicaténaires.
lysogénie
possibilité pour un phage de se maintenir sous une forme intégrée (prophage) dans l'appareil nucléaire d'une bactérie sans entraîner de lyse bactérienne.
l'induction du prophage entraîne sa séparation du génome bactérien et son entrée dans un cycle de multiplication.
maturation
phase tardive du cycle au cours de laquelle sont observés des changements de structure de la particule virale liés à la protéolyse de certaines protéines de capside par une protéase virale.
La maturation est indispensable pour que la particule virale soit infectieuse.
monocistronique
ARN messager (ARN-m) transcrit d’un seul gène (un cistron = un gène) et codant, par conséquent, un seul polypeptide.
se dit aussi d’un génome viral produisant de tels ARN-m
montage (splicing)
modification de l’ARN transcrit dans le noyau de la cellule eucaryote : les introns sont éliminés tandis que les exons sont collés bout à bout, l’ensemble constituant l’ARN messager qui se rend dans le cytoplasme où il sera traduit par les ribosomes.
les introns restent à l’intérieur – les exons sont exportés
négatif
brin d'acide nucléique dont la séquence est complémentaire du brin codant.
virus dont le génome est un brin négatif.
nucléocapside
structure résultant de l'association des protéines de capside avec le génome viral.
La nucléocapside représente le virion dans le cas des virus nus.
oncogène
gène codant une protéine capable d’induire la transformation cellulaire.
Un oncogène peut être d’origine cellulaire (gène c-onc) ou d’origine virale (v-onc).
ORF
(open reading frame= séquence à cadre de lecture ouvert)
séquence nucléotidique encadrée par un codon d’initiation AUG en 5’ et par un des trois codons stop en 3’. Une telle séquence est donc susceptible de coder un polypeptide qui peut ne pas avoir encore été identifié.
pandémie
épidémie mondiale.
la grippe, le sida sont des pandémies
peplos
du grec peplos = le manteau
équivalent de l'enveloppe virale (bicouche phospholipidique et protéines)
plasmide
élément génétique extra-chromosomique, capable de réplication autonome.
De tels éléments sont fréquemment rencontrés chez les bactéries et codent des protéines intervenant dans le pouvoir pathogène (des facteurs de virulence) ou dans la résistance aux antibiotiques.
polyadénylation
addition post-transcriptionnelle par la poly-A polymérase d'une longue séquence pouvant atteindre 200 adénines consécutives à l'extrémité 3' de la plupart des ARN cellulaires et viraux en ce qui concerne les virus à multiplication nucléaire.
polycistronique
ARN messager (ARN-m) transcrit de plusieurs gènes contigus (un cistron = un gène) et codant, par conséquent, plusieurs polypeptides. Cet ARN-m est traduit par les ribosomes en une protéine géante qui est ensuite fragmentée.
polyprotéine
protéine géante synthétisée en une seule pièce et qui donnera naissance à plusieurs protéines fonctionnelles après fragmentation par des protéases virales.
polyprotéine
résultat de la transcription d’un ARN-m polycistronique.
Cette polyprotéine est fragmentée par des protéases (virales ou cellulaires) en différentes protéines fonctionnellement différentes.
positif
brin d'acide nucléique dont la séquence code une protéine.
virus dont le génome est un brin positif.
prion
anagramme de proin : proteinaceous infectious particle
protéines particulières que l'on pense responsables de maladies "infectieuses" touchant le cerveau : la maladie de Creutzfeldt-Jakob chez l'homme, l'encéphalopathie spongiforme bovine.
procaryote
micro-organisme dont le matériel génétique - un ADN bicaténaire circulaire unique (donc haploïde : 1 n) – se trouve dans le cytoplasme dont il n’est pas séparé par une membrane nucléaire. Les bactéries sont des procaryotes.
promoteur
région de régulation située en amont de la partie codante des gènes composée du site de fixation de l'ARN polymérase et des sites de fixation des protéines régulatrices. Cette région agit en cis, comme promoteur de la transcription, en facilitant l’assemblage des protéines du complexe de transcription.
prophage
génome d’un bactériophage tempéré (ADN bicaténaire) qui s’intègre dans le chromosome de la bactérie-hôte.
Dans certaines circonstances, le prophage quitte le chromosome et la bactérie multiplie le virus.
voir induction.
protéine de fusion
glycoprotéine virale incluse dans l'enveloppe qui est responsable de la fusion de l'enveloppe virale avec la membrane cellulaire introduisant ainsi la nucléocapside dans le cytoplasme de la cellule-hôte.
protéines précoces et protéines tardives
les protéines précoces, synthétisées avant la réplication, sont le plus souvent des enzymes intervenant dans la réplication du génome.
les protéines tardives sont synthétisées après la réplication : ce sont des protéines de structures : capside, glycoprotéines d'enveloppe, protéine de matrice…
provirus
la rétrotranscription du génome des rétrovirus (ARN +) forme un ADN bicaténaire qui s’intégre dans un chromosome de la cellule-hôte.
L’activation du provirus entraîne sa transcription par la cellule et la multiplication du virus.
quasi-espèces
ensemble d'une population de variants génétiques d’un même virus à ARN, et dont l’apparition est liée aux taux de mutations élevés rencontrés dans cette classe de virus au cours de la réplication virale.
récepteur (viral)
molécule spécifique de la surface d’une cellule à laquelle un virus peut se fixer. Le récepteur d’un virus peut être une protéine ou un sucre d’une glycoprotéine ou d’un glycolipide membranaire.
réplicase
enzyme responsable de la réplication du génome des virus à ARN.
rétrotranscription
synthèse d'un ADN complémentaire bicaténaire (ADNc) à partir d'un ARN, par la transcriptase reverse (ou rétrotranscriptase)
rétrotransposon
élément génétique transposable, ressemblant au génome d’un rétrovirus et encadrée par des extrémités répétitives inversées.
ribozymes
molécules naturelles d'ARN douées d'activité catalytique et se comportant comme des enzymes vis-à-vis des ARN.
semi-conservative
désigne le fait qu'au cours de la réplication chaque brin de la double hélice sert de matrice pour former une copie.
signal d'emballage
région du génome viral dont la séquence nucléotidique interagit avec des protéines virales pour permettre l'incorporation d'un génome dans une particule virale.
sonde
séquence d'acide nucléique (ADN ou ARN) d'au moins 15 nucléotides, homologue à une séquence d'ADN ou d'ARN, avec laquelle elle s'hybride de façon stable et spécifique par association entre bases complémentaires.
La sonde subit un marquage radioactif (au 32P, par exemple) ou froid (enzymatique, fluorescent, par chimio ou bioluminescence) afin de repérer et caractériser les hybrides.
suppresseur (ARNt)
ARN-t produit par un gène muté et capable d'incorporer un acide aminé à l'emplacement d'un codon non-sens.
Un ARN-t suppresseur lève le blocage de la traduction par un codon non-sens.
syncytium
c’est le produit de la fusion de plusieurs cellules qui se présente sous la forme d’une masse cytoplasmique incluse dans une membrane et contenant plusieurs noyaux séparés.
transduction
transfert de matériel génétique d'une bactérie à une autre (ou d'une cellule à une autre) par l'intermédiaire d'un virus.
trans-acting (facteur agissant en trans)
élément génétique codant une protéine diffusible qui agit sur des sites de régulation proches ou non du site où elle est produite.
protéines diffusibles capables de moduler l'activité, en plus ou en moins, d'un ou de plusieurs gènes, en interagissant avec les séquences régulatrices (promoteurs).
transcriptase
enzyme responsable de la transcription du génome des virus à ARN - qui est obligatoirement présente dans le virion.
transfection
infection d’une cellule réalisée artificiellement par l’introduction de l’acide nucléique viral seul et non de la particule virale complète.
transformation
toute modification de la morphologie, de la biochimie ou des paramètres de la croissance d’une cellule.
tropisme
définit les tissus ou les cellules-hôtes dans lesquelles un virus est capable de se multiplier.
vaccin
préparation contenant une molécule antigénique ou un mélange d’antigènes suscitant une réponse immunitaire spécifique.
On peut distinguer trois types de vaccins viraux : des vaccins " tués " (virus pathogènes inactivés), des vaccins " vivants " (virus atténués par des mutations), des vaccins " sous-unités " (mélange de sous-unités vaccinantes)
virion
particule virale morphologiquement complète infectieuse.
viroïde
ARN monocaténaire circulaire infectieux de petite taille (200 à 400 nucléotides) ne codant aucune protéine mais capable de se répliquer.
Les viroïdes n’ont été rencontrés jusqu’ici que chez les végétaux.
virus helper
virus suppléant les fonctions absentes dans un virus défectif, lui permettant en cas de co-infection, de se multiplier normalement.
virus lytique
virus provoquant la destruction physique de la cellule infectée au cours de la phase de libération.
Les virus nus sont souvent des virus lytiques.
zoonose
infection transmise de l’animal à l’homme
publié par lamrous yacine dans: virologie
