Des chercheurs de la "National Library of Medecine" du "National Center for Biotechnology Information" (NCBI) et du "Fogarty International Center" ont publié, dans le journal Biology Direct, une étude permettant de mieux comprendre l'évolution des virus grippaux.
Les chercheurs ont analysé une large collection représentative des deux souches les plus connues de la grippe, à savoir H1N1 et H3N2. Ces virus ont été collectés entre les années 1995 et 2005 dans l'état de New York et en Nouvelle Zélande. Les banques de données provenaient de l'"Influenza Genome Sequencing Project" et ont été financées par le "National Institute of Allergy and Infectious Desease" qui a récemment mis à disposition plus de 1000 génomes
Jusqu'à maintenant, l'évolution de ce virus était perçue comme un procédé darwinien classique. En effet, il était plus ou moins admis que la principale protéine de surface nommée Hemaglutinine changeait continuellement afin de se soustraire au système immunitaire de l'hôte. Cela créait un avantage sélectif qui permettait de manière continue d'éliminer les virus " compétiteurs ".
Alors que ce mécanisme semble être effectivement appliqué par le virus H1N1, la période de sélection semble être une suite de séquences interrompues dans le cas du virus H3N2. En effet, ce virus semble être la plupart du temps en période de latence et ne présente pas d'excès significatif de mutations dans sa région antigénique. Les chercheurs ont noté que, pendant ces périodes de latence, aucune des souches circulantes ne prend le dessus sur les autres. complets de virus grippaux provenant de patients. Il semble d'ailleurs que de multiples variations soient nécessaires pour permettre au virus d'échapper au système immunitaire. En conséquence, de nombreuses variétés de souches s'accumulent. Lorsque la mutation apportant un avantage sélectif apparaît, la période de latence laisse place à un épisode darwinien où le nouveau virus dominant s'étend rapidement à la population humaine et élimine les autres variants de son espèce.
L'équipe dirigée par David Lipman conclut que la vision habituelle de l'évolution du virus de la grippe, à savoir rapide et contrôlée par un procédé de sélection positive, apparaît à leurs yeux incomplète. Les périodes de latence interrompues par de courtes périodes de sélection suggèrent que le séquençage d'un plus grand nombre de virus sur des patients permettrait d'améliorer la qualité des méthodes de prévention. En parallèle, la substitution d'aminoacides pourrait également être un bon moyen pour prévoir les futures souches dominantes et de gagner un temps précieux pour l'élaboration de vaccins.
Par Brice Obadia, Hedi Haddada & Sophia Gray
Les chercheurs ont analysé une large collection représentative des deux souches les plus connues de la grippe, à savoir H1N1 et H3N2. Ces virus ont été collectés entre les années 1995 et 2005 dans l'état de New York et en Nouvelle Zélande. Les banques de données provenaient de l'"Influenza Genome Sequencing Project" et ont été financées par le "National Institute of Allergy and Infectious Desease" qui a récemment mis à disposition plus de 1000 génomes
Jusqu'à maintenant, l'évolution de ce virus était perçue comme un procédé darwinien classique. En effet, il était plus ou moins admis que la principale protéine de surface nommée Hemaglutinine changeait continuellement afin de se soustraire au système immunitaire de l'hôte. Cela créait un avantage sélectif qui permettait de manière continue d'éliminer les virus " compétiteurs ".
Alors que ce mécanisme semble être effectivement appliqué par le virus H1N1, la période de sélection semble être une suite de séquences interrompues dans le cas du virus H3N2. En effet, ce virus semble être la plupart du temps en période de latence et ne présente pas d'excès significatif de mutations dans sa région antigénique. Les chercheurs ont noté que, pendant ces périodes de latence, aucune des souches circulantes ne prend le dessus sur les autres. complets de virus grippaux provenant de patients. Il semble d'ailleurs que de multiples variations soient nécessaires pour permettre au virus d'échapper au système immunitaire. En conséquence, de nombreuses variétés de souches s'accumulent. Lorsque la mutation apportant un avantage sélectif apparaît, la période de latence laisse place à un épisode darwinien où le nouveau virus dominant s'étend rapidement à la population humaine et élimine les autres variants de son espèce.
L'équipe dirigée par David Lipman conclut que la vision habituelle de l'évolution du virus de la grippe, à savoir rapide et contrôlée par un procédé de sélection positive, apparaît à leurs yeux incomplète. Les périodes de latence interrompues par de courtes périodes de sélection suggèrent que le séquençage d'un plus grand nombre de virus sur des patients permettrait d'améliorer la qualité des méthodes de prévention. En parallèle, la substitution d'aminoacides pourrait également être un bon moyen pour prévoir les futures souches dominantes et de gagner un temps précieux pour l'élaboration de vaccins.
Par Brice Obadia, Hedi Haddada & Sophia Gray
publié par lamrous yacine dans: virologie
Bonjour à tous et bienvenue au portail dédié à la microbiologie et ses branches.
J'ai besoin d'un service de votre part (c'est très important) . j'éxplique; j'ai passé le concours de magister de béjaia, thème: microbiologie appliquéé et biologie moléculaire et cellulaire. Pour tout étudiant aimable de Béjaia Mira, si vous pouvez voir les résultats du concours au département de biologie, veuillez chercher mon nom et me contacter pour me dire mon classement svp. merci à toute personne qui pourrait me répondre.
mon e-mail : enicay5@yahoo.fr.
mon nom est: Lamrous Yacine.
MERCI beaucoup pour ce service cher collègue.
برك الله فيك
J'ai besoin d'un service de votre part (c'est très important) . j'éxplique; j'ai passé le concours de magister de béjaia, thème: microbiologie appliquéé et biologie moléculaire et cellulaire. Pour tout étudiant aimable de Béjaia Mira, si vous pouvez voir les résultats du concours au département de biologie, veuillez chercher mon nom et me contacter pour me dire mon classement svp. merci à toute personne qui pourrait me répondre.
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publié par lamrous yacine dans: bio-actualité
Les chercheurs de UCSF (Université de Californie à San Francisco) et de l'Institut d'Urologie Glickman de Cliveland ont découvert la présence d'un nouveau virus dans les tumeurs de la prostate.
Ce retrovirus proche de ceux trouvés dans les souris n'avait jamais été détecté chez les humains. La découverte a été réalisée grâce à une technique de puce à ADN appelée VirusChip qui a permis, il y a 3 ans, de confirmer l'identité du virus à l'origine du SARS (Severe Acute Respiratory Syndrome).
La technique, mise au point par les Pr. DeRisi et Ganem, permet d'identifier un virus au sein d'un échantillon en le comparant à l'ADN ou l'ARN de plus de 20 000 fragments de matériel génétique dérivés de tous les virus connus rencontrés chez les humains, les animaux, les plantes, les levures et les bactéries.
L'étude fait partie d'un programme lancé il y a deux ans par les Pr. DeRisi et Ganem pour utiliser la puce afin de rechercher de nouveaux virus associés à un large éventail de maladies humaines.
Jusqu'à maintenant la puce a été utilisée pour la recherche de nouveaux virus dans environ 300 cas d'infection respiratoires, 50 cas de méningite et dans plus d'une douzaine de cas d'encéphalites sévères, d'hépatite et de leucémie.
Ce retrovirus proche de ceux trouvés dans les souris n'avait jamais été détecté chez les humains. La découverte a été réalisée grâce à une technique de puce à ADN appelée VirusChip qui a permis, il y a 3 ans, de confirmer l'identité du virus à l'origine du SARS (Severe Acute Respiratory Syndrome).
La technique, mise au point par les Pr. DeRisi et Ganem, permet d'identifier un virus au sein d'un échantillon en le comparant à l'ADN ou l'ARN de plus de 20 000 fragments de matériel génétique dérivés de tous les virus connus rencontrés chez les humains, les animaux, les plantes, les levures et les bactéries.
L'étude fait partie d'un programme lancé il y a deux ans par les Pr. DeRisi et Ganem pour utiliser la puce afin de rechercher de nouveaux virus associés à un large éventail de maladies humaines.
Jusqu'à maintenant la puce a été utilisée pour la recherche de nouveaux virus dans environ 300 cas d'infection respiratoires, 50 cas de méningite et dans plus d'une douzaine de cas d'encéphalites sévères, d'hépatite et de leucémie.
publié par lamrous yacine dans: virologie
Intégré dans les chromosomes humains et inactif depuis des lustres, un rétrovirus a été réactivé. But du jeu : mieux comprendre comment fonctionne ces virus dormants, dont on ignore beaucoup, sauf qu'ils provoquent parfois des tumeurs.
Il sommeille en nous comme il sommeillait déjà chez nos ancêtres. Il faut peut-être remonter plusieurs millions d’années en arrière pour approcher le moment où, quelque part, ce rétrovirus s’est intégré à l’ADN d’un primate. Il vient de se réveiller à l’Institut Gustave Roussy, à Villejuif, près de Paris, dans le laboratoire de Thierry Heidmann. Il ne s’agit pas de redonner vie à un monstre préhistorique mais de mieux comprendre cet extraordinaire phénomène qui permet l’incorporation des gènes d’un virus dans le génome d’un organisme supérieur. Il intervient sans doute dans l’évolution des espèces mais aussi dans le déclenchement de tumeurs.
Des étrangers dans nos chromosomes
On connaît depuis longtemps les rétrovirus, dont l’information génétique est portée par de l’ARN. Transformés en ADN dans la cellule infectée, les gènes viraux se glissent dans le génome de l’organisme et peuvent déclencher tout de suite leur reproduction, comme n’importe quel virus. Ils sont alors infectieux. Mais certains ont un autre destin : ils s’installent et se transmettent à la génération suivante. Ces véritables virus dormants peuvent se réveiller spontanément, bien plus tard, sans que l’on sache encore pourquoi. D’autres, enfin, restent définitivement dans le génome de leur hôte.
Après des centaines de millions d’années d’évolution et d’infections, le génome des animaux et des végétaux contiennent tous de tels rétrovirus endogènes. On les reconnaît à un petit bout de code génétique (appelé Long Terminal Repeat), qui les fait beaucoup ressembler aux rétrovirus infectieux. Le plus souvent, ces rétrovirus endogènes sont inoffensifs, complètement dénaturés par des siècles ou des millénaires de mutations diverses, ou encore, peut-être, contrés par la génétique cellulaire qui a appris à vivre avec.
Voir un rétrovirus à l’œuvre
Pour mieux comprendre le mécanisme d’intégration de ces rétrovirus et quel rôle ils peuvent jouer, l’équipe de Thierry Heidmann a choisi d’observer le phénomène en grandeur nature, en réactivant l’un de ces fossiles génétiques enfouis chez l’être humain. Pour y parvenir, ils devaient retrouver son code génétique, celui du virus qui a contaminé un jour l’un de nos ancêtres. Pas facile alors que les gènes en question ont été défigurés au fil des générations. Pas facile mais possible car ces gènes de rétrovirus ont toujours la propriété se répliquer, à la manière du copier-coller sur un ordinateur personnel. L’ADN de leurs gènes se transforment en ARN, lequel se retranscrit en ADN qui se réintègre ailleurs dans le génome, au hasard. Les chromosomes humains, par exemple, comprennent de nombreux exemplaires des mêmes rétrovirus, différemment affectés par les mutations successives.
En retrouvant ces copies altérées, l’équipe a pu reconstituer la séquence initiale, comme on pourrait retrouver le texte d’un livre en comparant de nombreux exemplaires abîmés en des endroits différents.
Le virus Phoenix, saisi par le microscope électronique après avoir infecté une cellule humaine. En bas à droite, un virus, en noir, s’apprête à sortir. Crédit : Dewannieux et al., Genome Research
Peut-on dire qu’un rétrovirus est ressuscité puisqu’un virus ne vit pas vraiment ? En tout cas, ce fossile reconstitué venu du fond des âges, et bien sûr surnommé Phoenix, est bel et bien fonctionnel : il s’est montré capable d’infecter différents types de cellules humaines. Cependant, son pouvoir infectieux est bien faible, comme si les cellules humaines savaient depuis longtemps comment se débarrasser de cet intrus qu’elles connaissent si bien. Quel que soit son pouvoir infectieux, ce rétrovirus réveillé ne peut pas faire grand mal car une modification de ses gènes, effectuée par l’équipe, l’empêche de se reproduire plus d’une fois. S’agissant de réactiver un virus qui fut dangereux pour nos ancêtres, la précaution n’est pas inutile.
Les généticiens ont maintenant quelques pièces de plus pour comprendre un peu mieux le puzzle de notre équipement génétique, dont l’image s’est singulièrement compliquée ces dernières années. Les rétrovirus endogènes ne sont en effet qu’un exemple d’éléments mobiles dans nos gènes. Comme l'avait compris Barbara McClintock il y a plus de cinquante ans, nos chromosomes, à coup de copier-coller et de couper-coller, brouillent les cartes…
Il sommeille en nous comme il sommeillait déjà chez nos ancêtres. Il faut peut-être remonter plusieurs millions d’années en arrière pour approcher le moment où, quelque part, ce rétrovirus s’est intégré à l’ADN d’un primate. Il vient de se réveiller à l’Institut Gustave Roussy, à Villejuif, près de Paris, dans le laboratoire de Thierry Heidmann. Il ne s’agit pas de redonner vie à un monstre préhistorique mais de mieux comprendre cet extraordinaire phénomène qui permet l’incorporation des gènes d’un virus dans le génome d’un organisme supérieur. Il intervient sans doute dans l’évolution des espèces mais aussi dans le déclenchement de tumeurs.
Des étrangers dans nos chromosomes
On connaît depuis longtemps les rétrovirus, dont l’information génétique est portée par de l’ARN. Transformés en ADN dans la cellule infectée, les gènes viraux se glissent dans le génome de l’organisme et peuvent déclencher tout de suite leur reproduction, comme n’importe quel virus. Ils sont alors infectieux. Mais certains ont un autre destin : ils s’installent et se transmettent à la génération suivante. Ces véritables virus dormants peuvent se réveiller spontanément, bien plus tard, sans que l’on sache encore pourquoi. D’autres, enfin, restent définitivement dans le génome de leur hôte.
Après des centaines de millions d’années d’évolution et d’infections, le génome des animaux et des végétaux contiennent tous de tels rétrovirus endogènes. On les reconnaît à un petit bout de code génétique (appelé Long Terminal Repeat), qui les fait beaucoup ressembler aux rétrovirus infectieux. Le plus souvent, ces rétrovirus endogènes sont inoffensifs, complètement dénaturés par des siècles ou des millénaires de mutations diverses, ou encore, peut-être, contrés par la génétique cellulaire qui a appris à vivre avec.
Voir un rétrovirus à l’œuvre
Pour mieux comprendre le mécanisme d’intégration de ces rétrovirus et quel rôle ils peuvent jouer, l’équipe de Thierry Heidmann a choisi d’observer le phénomène en grandeur nature, en réactivant l’un de ces fossiles génétiques enfouis chez l’être humain. Pour y parvenir, ils devaient retrouver son code génétique, celui du virus qui a contaminé un jour l’un de nos ancêtres. Pas facile alors que les gènes en question ont été défigurés au fil des générations. Pas facile mais possible car ces gènes de rétrovirus ont toujours la propriété se répliquer, à la manière du copier-coller sur un ordinateur personnel. L’ADN de leurs gènes se transforment en ARN, lequel se retranscrit en ADN qui se réintègre ailleurs dans le génome, au hasard. Les chromosomes humains, par exemple, comprennent de nombreux exemplaires des mêmes rétrovirus, différemment affectés par les mutations successives.
En retrouvant ces copies altérées, l’équipe a pu reconstituer la séquence initiale, comme on pourrait retrouver le texte d’un livre en comparant de nombreux exemplaires abîmés en des endroits différents.
Le virus Phoenix, saisi par le microscope électronique après avoir infecté une cellule humaine. En bas à droite, un virus, en noir, s’apprête à sortir. Crédit : Dewannieux et al., Genome Research
Peut-on dire qu’un rétrovirus est ressuscité puisqu’un virus ne vit pas vraiment ? En tout cas, ce fossile reconstitué venu du fond des âges, et bien sûr surnommé Phoenix, est bel et bien fonctionnel : il s’est montré capable d’infecter différents types de cellules humaines. Cependant, son pouvoir infectieux est bien faible, comme si les cellules humaines savaient depuis longtemps comment se débarrasser de cet intrus qu’elles connaissent si bien. Quel que soit son pouvoir infectieux, ce rétrovirus réveillé ne peut pas faire grand mal car une modification de ses gènes, effectuée par l’équipe, l’empêche de se reproduire plus d’une fois. S’agissant de réactiver un virus qui fut dangereux pour nos ancêtres, la précaution n’est pas inutile.
Les généticiens ont maintenant quelques pièces de plus pour comprendre un peu mieux le puzzle de notre équipement génétique, dont l’image s’est singulièrement compliquée ces dernières années. Les rétrovirus endogènes ne sont en effet qu’un exemple d’éléments mobiles dans nos gènes. Comme l'avait compris Barbara McClintock il y a plus de cinquante ans, nos chromosomes, à coup de copier-coller et de couper-coller, brouillent les cartes…
publié par lamrous yacine dans: virologie
Parmi les personnes infectées par le VIH, un petit pourcentage demeurent en bonne santé sans aucun médicament. Et si elles détenaient la clé pour vaincre ce fléau?
En 1992, Loreen Willenberg a été condamnée à mort. “Ce virus va vous tuer”, lui a dit l’infirmière en lui annonçant qu’elle était séropositive. Depuis, rien. Quatorze ans après ce verdict sans appel, elle est toujours en pleine forme. Elle n’a jamais souffert des terribles infections opportunistes (pneumonie, sarcome de Kaposi, tuberculose, rétinite, herpès, etc.) qui assaillent les porteurs du VIH quand leur système immunitaire se met à défaillir. “Je n’ai même pas eu un rhume en 14 ans”, s’enorgueillit la quinquagénaire. Elle ne prend pourtant aucun médicament et le diagnostic de sa séropositivité a été confirmé à six reprises.
C’est que Loreen a de la chance dans son malheur. Alors que la grande majorité des personnes infectées voient apparaître des symptômes dans les sept années suivant la contamination, elle possède l’extraordinaire capacité de contrôler la progression de la maladie. Dans le jargon de la recherche, on l’appelle une elite controller ou “contrôleur”. “Je le sais: je suis un cas”, admet-elle.
Ces patients sont en effet très rares, mais ils intéressent beaucoup les scientifiques, car ils détiennent peut-être la clé qui permettra de vaincre le fléau. “Quand on se retrouve face à ces personnes, on a vraiment le sentiment qu’elles constituent la pièce manquante du puzzle”, s’enthousiasme Bruce Walker, directeur du Centre de recherche sur le sida à l’Hôpital général du Massachusetts, à Boston.
S’ils fascinent autant les chercheurs, c’est que ces résistants maîtrisent naturellement une recette que l’on tente depuis des lunes de mettre au point en laboratoire. “On doute de plus en plus de pouvoir un jour produire un vaccin protégeant contre la contamination. Mais on espère faire en sorte que les gens infectés ne soient pas malades. Une fois qu’on a eu la varicelle, par exemple, elle reste dans notre corps toute notre vie, mais nous n’en souffrons pas. Si le sida pouvait devenir aussi inoffensif, l’épidémie serait éradiquée.”
Sauf que le sida n’est pas la varicelle: c’est un rétrovirus, c’est-à-dire qu’il s’intègre à notre ADN et agit ensuite comme un gène, ce qui le rend beaucoup plus insidieux.
Pourtant, quelques-uns réussissent à traiter le sida comme une vulgaire picote: le VIH est en eux, mais il ne les importune pas. En fait, leur charge virale (la quantité de virus dans le plasma) est si basse qu’elle n’est même pas perceptible à l’aide des tests de détection actuels.
En 1992, Loreen Willenberg a été condamnée à mort. “Ce virus va vous tuer”, lui a dit l’infirmière en lui annonçant qu’elle était séropositive. Depuis, rien. Quatorze ans après ce verdict sans appel, elle est toujours en pleine forme. Elle n’a jamais souffert des terribles infections opportunistes (pneumonie, sarcome de Kaposi, tuberculose, rétinite, herpès, etc.) qui assaillent les porteurs du VIH quand leur système immunitaire se met à défaillir. “Je n’ai même pas eu un rhume en 14 ans”, s’enorgueillit la quinquagénaire. Elle ne prend pourtant aucun médicament et le diagnostic de sa séropositivité a été confirmé à six reprises.
C’est que Loreen a de la chance dans son malheur. Alors que la grande majorité des personnes infectées voient apparaître des symptômes dans les sept années suivant la contamination, elle possède l’extraordinaire capacité de contrôler la progression de la maladie. Dans le jargon de la recherche, on l’appelle une elite controller ou “contrôleur”. “Je le sais: je suis un cas”, admet-elle.
Ces patients sont en effet très rares, mais ils intéressent beaucoup les scientifiques, car ils détiennent peut-être la clé qui permettra de vaincre le fléau. “Quand on se retrouve face à ces personnes, on a vraiment le sentiment qu’elles constituent la pièce manquante du puzzle”, s’enthousiasme Bruce Walker, directeur du Centre de recherche sur le sida à l’Hôpital général du Massachusetts, à Boston.
S’ils fascinent autant les chercheurs, c’est que ces résistants maîtrisent naturellement une recette que l’on tente depuis des lunes de mettre au point en laboratoire. “On doute de plus en plus de pouvoir un jour produire un vaccin protégeant contre la contamination. Mais on espère faire en sorte que les gens infectés ne soient pas malades. Une fois qu’on a eu la varicelle, par exemple, elle reste dans notre corps toute notre vie, mais nous n’en souffrons pas. Si le sida pouvait devenir aussi inoffensif, l’épidémie serait éradiquée.”
Sauf que le sida n’est pas la varicelle: c’est un rétrovirus, c’est-à-dire qu’il s’intègre à notre ADN et agit ensuite comme un gène, ce qui le rend beaucoup plus insidieux.
Pourtant, quelques-uns réussissent à traiter le sida comme une vulgaire picote: le VIH est en eux, mais il ne les importune pas. En fait, leur charge virale (la quantité de virus dans le plasma) est si basse qu’elle n’est même pas perceptible à l’aide des tests de détection actuels.
publié par lamrous yacine dans: bio-actualité
